Собственно боевые действия были открыты в начале 1769 года. 10-тыс. турецко-татарский корпус вторгся из Крыма в Малороссию. Однако, Румянцев отразил этот удар и сам выслал карательный отряд в Крым, а также усилил гарнизоны Азова и Таганрога. К лету Румянцев перевел свои основные силы к Елизаветграду, но дальше наступать не мог, так как войска собирались медленно, и у него было всего 30 тыс. человек (включая 10 тыс. плохо вооруженных казаков). В то время как на Днестре стоял крымский хан со 100-тыс. турецко-татарской армией и 30 тыс. крымских татар угрожали новым ударом с Перекопа. Но, Румянцев распространяя слухи о движении сильной русской армии в Подолию, изменил ситуацию в свою пользу. Слухи о наступлении армии Румянцева спутали расчёты османского командования, которое отказалось от первоначального замысла наступления. Центр боевых действий сместился на Днестр.
Первоначально в Подунавье боевые действия велись вяло. Молдавия восстала против Порты, её господарь бежал. Архиепископ ясский попросил принять Молдавию в русское подданство. Но, 45-тыс. армия Голицына (до планируемой численность армии довести не удалось), вместо того чтоб сразу занять Яссы, двинулась на Хотин. Взять сильную крепость он не смог, потеряв время и ощущая нехваток провианта, князь отвел войска за Днестр. В результате стратегическая инициатива была потеряна, и османам позволили подавить восстание в Бессарабии.
Турки также не проявили инициативы. Великий визирь с 200-тыс. армией форсировал Дунай и двинулся в Бессарабию. Турецко-татарские войска целый месяц до половины июня бесцельно простояли на Пруте. Османское командование предложило полякам вместе начать наступление в Польше. Но, поляки, не желая видеть орды османов и татар в своих землях, предложили турецкой армии выступить против Румянцева в Новороссию. Направив против Голицына заслон.
Визирь этот план принял. Под Хотин была направлена 60-тыс. вспомогательная армия, а главные силы собирались ударить на Елизаветград. Но, этот поход не удался. Слухи о сильной армии Румянцева смутили османов, и визирь не решился форсировать Днестр, вернувшись назад на Прут в урочище Рябая Могила. Для укрепления Хотина визирь отправил сераскира Молдаванчи-пашу.
Голицын снова решился двинуться к Хотину. Это был опасный маневр. Голицын удалялся от армии Румянцева и не мог оказать ей помощи. Если бы на месте визиря был более решительный и инициативный полководец, то огромная турецкая амия могла ударить на Киев, и попытаться разгромить армию Румянцева. 24 июня Голицын форсировал Днестр, у села Пашкивцы опрокинул турецко-татарское войско и блокировал Хотин. Но, прибытие армии сераскира Молдаванчи и крымского хана Девлет-Гирея заставило Голицына снять осаду и отступить за Днестр. Надо сказать, что Голицын был поклонником школы маневренной войны, которая считала, что на войне главное маневр, а не решительное сражение. Поэтому Голицын считал, что его задача выполнена — он отвлёк врага от Новороссии.
Безынициативность визиря и его воровство (он украл 25 млн. пиастров, выделенных для снабжения армии), вынудили султана сменить его на Молдаванчи-пашу. Новый главнокомандующий получил приказ форсировать Днестр и занять Подолию. Однако, турецкое наступление завершилось провалом. В конце августа 80-тыс. турецко-татарская армия форсировала реку, но была сброшена войсками Голицына в Днестр. А 12-тыс. турецкий отряд, который 5 сентября был отправлен за Днестр для фуражировок, русские войска полностью уничтожили.
Поражения, нехватка продовольствия и фуража, воровство командования совершенно деморализовали турецкую армию. Почти всё войско разбежалось по домам. Молдаванчи-пашу в Яссах чуть не убили свои, он еле сбежал. У Рябой Могилы осталось только около 5 тыс. солдат, остальные дезертировали. Остался только сильный гарнизон в Бендерах, небольшие отряды в дунайских крепостях и крымско-татарская орда в Каушанах. Девлет-Гирей вскоре также распустил свои войска.
Но, русское командование не воспользовалось полным развалом османской армии. Голицын только без боя занял Хотин — русскими трофеями стали 163 орудия. Однако, вскоре снова (в третий раз) отступил за Днестр. Екатерина II, недовольная такой пассивностью, сменила Голицына на Румянцева. 2-ю русскую армию возглавил Пётр Панин.
Румянцев с учётом того, что главные силы османов ушли за Дунай, отряды конфедератов не представляли угрозы, и приближением зимы, отложил возобновление боевых действий до весны следующего года. Основные силы русской были расположены между Днестром, Бугом и Збручом. 17-тыс. авангард (Молдавский корпус) под началом генерала Штофельна был выдвинут за Днестр и Прут — в Молдавию. Штофельну поручили и управление Молдавией. Румянцев привел войска в порядок. Полки соединили в бригады, а бригады в дивизии. Управление артиллерией было децентрализовано — артиллерийские роты передали дивизиям. Зимой проводили учения, особенное внимание уделялось конным атакам и быстроте движения.
Авангард Штофельна в ноябре овладел всей Молдавией до Галаца и большей частью Валахии, захватил в плен двух господарей. Боевые действия продолжались всю зиму. Турецко-татарские войска. Пользуясь немногочисленностью Молдавского корпуса и разбросанностью его сил, пытались разбить русские передовые силы. Однако, были везде биты. Противник потерпел поражение при Фокшанах, у Журжи и у Бухареста. Русские войска взяли Браилов.
2-я русская армия безуспешно пыталась атаковать Крым, но поход не удался (из-за засухи). Провалилась и осада Бендер. И-за отсутствия осадной артиллерии от идеи осады крепости пришлось отказаться. Русские войска на кавказском направлении действовали успешно. Отряды генерала Медема и Тотлебена заставили кабардинцев и жителей верховьев Кубани признать русскую власть.